Fra februar 1944 og frem til maj 1945 havde den tyske besættelsesmagt beslaglagt Skanderborg Dyrehave. Tyskerne brugte området som dansk hovedkvarter for Luftwaffe, og lod i løbet af perioden forskellige forsvarsanlæg opføre, ligesom de tilpassede eksisterende bygninger i området til deres formål.
Skanderborg kommune fik hele området tilbageleveret i 1945. Området blev derefter brugt som flygtningelejr frem til juli 1946, hvorefter man gik i gang med at sløjfe hele det tyske anlæg, undtagen bunkerne. Med deres metertykke betonvægge var de for svære at fjerne.
Tyskerne efterlod i alt fem bunkere, hvoraf den ene var anlagt på et privatejet område uden for skoven. En anden af bunkerne beliggende i byen fik ny militær betydning, idet den i perioden 1963-1990 blev indrettet til og fungerede som Kommandocentral for Skanderborg under Civilforsvarsstyrelsen under truslen fra "Den Kolde krig".
Andre spor efter de tyske soldaters tilstedeværelse er blokhuse tæt ved søen, to branddamme og de spor af rydninger i skoven, som stadig kan erkendes i dag. To bunkers ved søen har siden 1979 fungeret som museum.
Alle disse spor fra det tyske luftwaffes danske hovedkvarter formidles under navnet Skanderborg Bunkerne som en afdeling af Skanderborg Museum. Tidsmæssigt rummer historien både 2. Verdenskrig, efterkrigstid og "Den Kolde krig".
Grundplan for et af bunkeranlæggene med indretning og elkabler markeret.
